Contabilidad separada en proyectos financiados con fondos públicos: cómo evitar errores que pueden comprometer una ayuda
La gestión económico-administrativa de un proyecto de I+D+i o de inversión productiva/tecnológica financiado públicamente no termina con la ejecución de las actividades técnicas o la presentación de la exigible cuenta justificativa para la certificación económica del mismo. En los últimos meses estamos comprobando que las verificaciones de los organismos gestores de muchos programas de ayudas, especialmente los cofinanciados con fondos europeos FEDER 2021-2027, están poniendo el foco de su inspección en un requisito que muchas organizaciones consideran resuelto: la contabilidad separada de los gastos afectos al proyecto financiado.
En nuestra experiencia, muchas incidencias e incumplimientos no se producen porque el gasto sea incorrecto, sino porque no puede acreditarse de forma clara, ni su trazabilidad, ni la no existencia de doble financiación, dentro de la contabilidad de la empresa. Esto ocurre especialmente en partidas de gastos singulares, como son los gastos de personal, en las que una correcta organización documental resulta determinante para superar una auditoría o un proceso de verificación por la entidad gestora de los fondos públicos.
¿Qué es la contabilidad separada en un proyecto financiado con fondos públicos?
Uno de los errores más frecuentes es pensar que la contabilidad separada obliga a llevar una contabilidad independiente para cada proyecto o una doble contabilidad. No es así. Lo que exige la normativa europea es que todas las operaciones vinculadas a una ayuda pública puedan identificarse de forma clara dentro de la contabilidad habitual de la empresa, ya sea mediante subcuentas específicas, códigos de proyecto u otros sistemas equivalentes que permitan seguir el rastro de cada gasto desde su origen hasta la cuenta justificativa y desde el momento de su ejecución.
Algunos organismos gestores de fondos públicos han publicado documentos explicativos para la acreditación de este requisito, en los que se admiten varias vías de implementación, todas ellas equivalentes en cuanto al resultado:
- Subcuentas específicas creadas dentro del plan de cuentas de la empresa para los gastos del proyecto.
- Códigos de proyecto en el software contable, que permitan agrupar y extraer todas las transacciones del expediente.
- Plataformas de gestión o sistemas de información específicos que centralicen esa información.
- Cualquier otra solución establecida por el beneficiario, siempre que permita la identificación específica y separada de los gastos mediante código contable adecuado.
El objetivo es sencillo: que cualquier auditor o verificador pueda reconstruir el expediente económico sin dudas, identificando con precisión la trazabilidad de los gastos, qué gastos se han imputado, a quién corresponden y cómo se han calculado, así como su aplicación en exclusiva al proyecto a certificar.
¿Por qué la contabilidad separada cobra ahora más importancia?
La obligación de llevar una contabilidad separada o utilizar un código contable específico para los proyectos financiados con fondos públicos, especialmente si lo son de origen europeo, no es una novedad, ya que está recogida en la normativa comunitaria desde hace varios periodos de programación.
Sin embargo, en el actual marco plurianual 2021-2027 se ha intensificado el nivel de control, con verificaciones que inspeccionan el detalle de cada apunte contable para comprobar que todos los gastos imputados al proyecto son plenamente trazables.
Durante estos controles ya no basta con demostrar que el gasto existe. También es necesario acreditar que cada importe imputado aparece correctamente registrado, identificado y vinculado al proyecto financiado. Cuando esa trazabilidad falla, el problema no suele ser el gasto en sí, sino la dificultad para demostrar documentalmente su correcta imputación.
Los gastos de personal, el punto más sensible
Ante este aumento del control por parte de los organismos gestores de fondos, artica+i puede confirmar que la mayor parte de las incidencias aparecen en la imputación de una partida de gastos clave en los proyectos de I+D+i como son los gastos de personal de la entidad beneficiaria, participantes en la actividad financiada.
A diferencia de una factura, una nómina suele corresponder a la actividad general de un trabajador, que dedica únicamente una parte de su jornada al proyecto financiado. Por ello, la correcta imputación exige separar el coste correspondiente a cada persona, diferenciando el coste salarial y el de la seguridad social empresarial e identificando ambas partidas mediante el código contable del expediente.
Aunque la normativa permite, a priori, realizar esta imputación al cierre del ejercicio o del periodo de justificación, registrar las imputaciones de forma mensual aporta importantes ventajas: facilita la trazabilidad, mejora la calidad de la evidencia documental y permite detectar posibles incoherencias cuando todavía pueden corregirse. En todo caso, desde artica+i recomendamos, de acuerdo con el criterio de la Administración, que los asientos de gastos de personal se realicen de forma anual o por hitos, en lugar de mensualmente. Estos deben detallar siempre los importes por trabajador, diferenciando nóminas y Seguridad Social, ya que no es suficiente con que ese gasto individualizado pueda trazarse únicamente fuera de la contabilidad (partes horarios, memoria económica, etc.)
Los errores que encontramos con mayor frecuencia
En las revisiones de expedientes, nuestro equipo consultor viene observando una serie de incidencias que se repiten con frecuencia y que pueden complicar una verificación del requisito de la contabilidad separada exigida por el organismo gestor:
- Registrar un único asiento global para todo el personal del proyecto sin individualizar los costes por trabajador.
- Imputar el coste completo de un empleado cuando únicamente dedica una parte de su jornada al proyecto.
- Encontrar diferencias entre la contabilidad y la memoria económica
- Mantener toda la trazabilidad únicamente en hojas de cálculo, sin reflejo suficiente en la contabilidad de la entidad beneficiaria.
- Elaborar los partes de horas de forma retrospectiva.
- Realizar las imputaciones contables únicamente cuando la Administración solicita la documentación.
En la mayoría de los casos, estas situaciones no responden a gastos incorrectos, sino a problemas de organización documentalque podrían haberse evitado durante la ejecución del proyecto.
La clave: preparar la justificación desde el primer día
Nuestra experiencia nos demuestra que organizar correctamente la trazabilidad económica de todos los gastos desde el inicio del proyecto supone un esfuerzo muy reducido frente al tiempo y los recursos necesarios para reconstruir la información, cuando llega una verificación por parte de la Administración.
Por ello, desde artica+i recomendamos definir desde el comienzo de la ejecución del proyecto el sistema de contabilidad separada a implementar, estableciendo una metodología clara para la gestión de los gastos y su contabilización separada, incluyendo el cálculo del coste/hora y el registro periódico de las imputaciones, así como mantener alineadas la contabilidad, los partes de horas y la memoria económica.
En artica+i te ayudamos a preparar tu expediente con garantías
En artica+i acompañamos a empresas y entidades en la gestión económico-administrativa de ayudas públicas, nacionales y europeas, prestando apoyo durante toda la vida del proyecto. Diseñamos la estructura de contabilidad separada, definimos la metodología de imputación de costes, verificamos la coherencia entre la documentación económica y técnica y preparamos los expedientes para afrontar con garantías cualquier proceso de revisión o auditoría.
Si estás ejecutando un proyecto financiado o vas a comenzar uno próximamente, este es el mejor momento para revisar que la trazabilidad económica de tu expediente cumple todos los requisitos y evitar incidencias futuras.
¿Quieres que revisemos y auditemos la contabilidad separada de tu expediente para garantizar el éxito de la justificación económica de tu proyecto?
Jefe de Área de Gestión Económica-Administrativa – Consultoría para la Innovación
Administración y Finanzas más de 8 años de experiencia en Consultoría de la Innovación.




